Секвенирование NGS Выбраны параметры: Illumina

Набор индексов Illumina DNA/RNA UD Indexes (Set A B, C, D), Tagmentation (96 индексов, 96 образцов) представляет собой комплект из 96 уникальных двойных (UD) индексов длиной по 10 п.н., достаточных для одномоментной маркировки 96 образцов. Реагенты для пробоподготовки, обогащения библиотек и панели зондов приобретаются отдельно.

Применение UDI-кодов в протоколе пробоподготовки обеспечивает формирование высококачественных библиотек с минимальным уровнем фонового шума и эффективно нивелирует риск перескока индексов (index hopping), обусловленный образованием химерных конструкций в процессе кластерной амплификации. Благодаря биоинформатической обработки достигается максимальная точность демультиплексирования, что позволяет секвенировать значительно большее число образцов за один цикл без ущерба для качества данных. Мультиплексирование с использованием 384 UDI-кодов существенно снижает стоимость одного образца (per-sample cost) и увеличивает пропускную способность секвенирования за счет одновременной обработки нескольких образцов в одном проходе.

Набор обеспечивает расширенную совместимость с различными платформами Illumina и наборами для подготовки библиотек, предоставляя гибкое решение для высокопроизводительного секвенирования с оптимальным балансом между экономической эффективностью и достоверностью получаемых данных.

Хранение компонентов набора: необходимо хранить при -20 °C.

Набор Infinium Global Screening Array представляет собой усовершенствованный высокоплотный генотипирующий чип (BeadChip) на 48 образцов, обеспечивающий высокоэффективное, масштабируемое и экономически обоснованное решение для популяционных генетических исследований, скрининга вариантов и задач прецизионной медицины. Общее количество маркеров на чипе составляет 654 027, видовая принадлежность — Homo sapiens.

Генетическое содержание чипа сформировано на основе многоэтнического геномного контента, отобранного для обеспечения высокой точности импутации (>1%) по всем 26 популяциям проекта «1000 геномов». Версия 3.0 включает клинически значимый контент: варианты с установленными ассоциациями с заболеваниями, фармакогеномные маркеры, а также курируемый экзонный контент, полученный из авторитетных баз данных ClinVar, NHGRI, PharmGKB и ExAC.

Производительность и рабочий процесс обеспечивают высокопроизводительную обработку сотен и тысяч образцов в неделю с оптимизированным 3-дневным циклом пробоподготовки. Комплект включает удобную упаковку, содержащую BeadChips и полный набор реагентов для амплификации, фрагментации, гибридизации, маркировки и детекции генетических вариантов в рамках высокопроизводительного, стандартизированного протокола Infinium. Интеграция с системой iScan и специализированным программным обеспечением гарантирует получение высококачественных, воспроизводимых данных.

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 2000 представляют собой высокопроизводительную реагентную систему нового поколения, разработанную для максимальной эффективности на платформе средней производительности Illumina. Комплектация включает три готовых к установке автономных картриджа: реагентный картридж, содержащий модифицированные нуклеотиды с обратимыми терминаторами и высокопроцессивную ДНК-полимеразу с корректурной активностью; проточную ячейку с оптимизированной поверхностной химией, обеспечивающей высокую плотность посадки кластеров и равномерное покрытие; и буферный картридж.

Благодаря увеличенной пропускной способности и усовершенствованной химии набора, данный продукт находит применение в широчайшем спектре исследовательских задач, демонстрируя высокие показатели производительности в различных типах экспериментов:

• полноэкзомное секвенирование (WES): при стандартной глубине покрытия 90× и выходе 8 Гб данных на образец, набор позволяет обрабатывать до 30 образцов за единичный запуск, что делает его оптимальным инструментом для клинических исследований и скрининга наследственных заболеваний;
• профилирование транскриптома (RNA-Seq): при стандартной глубине 50 млн парных ридов на образец, производительность достигает 24 образцов за запуск, обеспечивая высокую чувствительность детекции низкоэкспрессируемых транскриптов и изоформных вариантов;
• секвенирование мРНК (mRNA-Seq): при 25 млн парных ридов на образец, набор позволяет обрабатывать до 48 образцов за запуск, что существенно снижает стоимость полнотранскриптомного анализа в масштабных экспериментах и обеспечивает статистически значимую мощность. дифференциальной экспрессии.

Таким образом, единая реагентная схема обеспечивает универсальность применения — от количественного анализа экспрессии генов и детекции альтернативного сплайсинга до выявления редких клинически значимых вариантов в экзоме и идентификации соматических мутаций в онкогенных панелях.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 90% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 31;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 240.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

• картридж — от -25 °C до -15 °C, 6 месяцев;
• ячейка — 2-8 °C, 6 месяцев;
• RSB (картридж с буферами) с Tween 20 — 2-8 °C, 6 месяцев.

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 500/550 представляют собой комплексное, интегрированное решение, включающее все необходимые реактивы для проведения полноформатных секвенирующих запусков на данной платформе. Комплектация предусматривает три готовых к использованию картриджа: реагентный картридж с ферментативным мастер-миксом, проточную ячейку с иммобилизованной олигонуклеотидной поверхностью для кластерной амплификации и буферный картридж, обеспечивающий стабильность рабочих параметров на протяжении всего цикла секвенирования.

Благодаря высокой пропускной способности и оптимизированной химии набора, данный продукт находит применение в широком спектре исследовательских задач, включая целевое секвенирование таргетных панелей различного размера, полноэкзомное секвенирование (WES), а также скрининг полных геномов (WGS) бактериальных и эукариотических организмов. Универсальность набора позволяет адаптировать протокол под различные типы библиотек без дополнительной модификации реагентной схемы.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 80% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 18;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 50-60.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 500/550 представляют собой комплексное, интегрированное решение, включающее все необходимые реактивы для проведения полноформатных секвенирующих запусков на данной платформе. Комплектация предусматривает три готовых к использованию картриджа: реагентный картридж с ферментативным мастер-миксом, проточную ячейку с иммобилизованной олигонуклеотидной поверхностью для кластерной амплификации и буферный картридж, обеспечивающий стабильность рабочих параметров на протяжении всего цикла секвенирования.

Благодаря высокой выходной мощности и оптимизированной химии набора, данный продукт находит применение в широчайшем спектре исследовательских и клинических задач, включая высокопроизводительное секвенирование таргетных панелей различных размеров (от сотен до тысяч генов), полноэкзомное секвенирование (WES) с глубиной покрытия, достаточной для детекции низкочастотных соматических мутаций, а также скрининг полных геномов (WGS) бактериальных, грибных и эукариотических организмов с вариабельным уровнем покрытия. Единая реагентная схема обеспечивает совместимость с большинством протоколов пробоподготовки, реализованных на платформе Illumina, что делает набор универсальным инструментом для лабораторий, работающих с разнообразными типами библиотек — от фрагментированной геномной ДНК до ампликонных и РНК-библиотек.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 80% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 29;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 100-120.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

• картридж — от -25 °C до -15 °C, 6 месяцев;
• ячейка — 2-8 °C, 6 месяцев;
• RSB (картридж с буферами) с Tween 20 — 2-8 °C, 6 месяцев.

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 500/550 представляют собой комплексное, интегрированное решение, включающее все необходимые реактивы для проведения полноформатных секвенирующих запусков на данной платформе. Комплектация предусматривает три готовых к использованию картриджа: реагентный картридж с ферментативным мастер-миксом, проточную ячейку с иммобилизованной олигонуклеотидной поверхностью для кластерной амплификации и буферный картридж, обеспечивающий стабильность рабочих параметров на протяжении всего цикла секвенирования.

Благодаря высокой пропускной способности и оптимизированной химии набора, данный продукт находит применение в широком спектре исследовательских задач, включая целевое секвенирование таргетных панелей различного размера, полноэкзомное секвенирование (WES), а также скрининг полных геномов (WGS) бактериальных и эукариотических организмов. Универсальность набора позволяет адаптировать протокол под различные типы библиотек.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 80% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 15;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 16,25-19,5.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

• картридж — от -25 °C до -15 °C, 6 месяцев;
• ячейка — 2-8 °C, 6 месяцев;
• RSB (картридж с буферами) с Tween 20 — 2-8 °C, 6 месяцев.

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 500/550 представляют собой комплексное, интегрированное решение, включающее все необходимые реактивы для проведения полноформатных секвенирующих запусков на данной платформе. Комплектация предусматривает три готовых к использованию картриджа: реагентный картридж с ферментативным мастер-миксом, проточную ячейку с иммобилизованной олигонуклеотидной поверхностью для кластерной амплификации и буферный картридж, обеспечивающий стабильность рабочих параметров на протяжении всего цикла секвенирования.

Данный продукт находит применение в широчайшем спектре исследовательских и клинических задач, включая высокопроизводительное секвенирование таргетных панелей различных размеров (от сотен до тысяч генов), полноэкзомное секвенирование (WES) с глубиной покрытия, достаточной для детекции низкочастотных соматических мутаций, а также скрининг полных геномов (WGS) бактериальных, грибных и эукариотических организмов с вариабельным уровнем покрытия. Единая реагентная схема обеспечивает совместимость с большинством протоколов пробоподготовки, реализованных на платформе Illumina, что делает набор универсальным инструментом для лабораторий, работающих с разнообразными типами библиотек.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 75% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 26;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 32,5-39.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

• картридж — от -25 °C до -15 °C, 6 месяцев;
• ячейка — 2-8 °C, 6 месяцев;
• RSB (картридж с буферами) с Tween 20 — 2-8 °C, 6 месяцев.