Универсальная агароза с низким электроэндоосмосом предназначена для гелевого электрофореза нуклеиновых кислот. Обеспечивает высокую контрастность зон и прозрачность геля. Подходит для разделения фрагментов ДНК/РНК, анализа продуктов ПЦР и рутинных молекулярно-биологических исследований. Произведена по технологии без применения органических растворителей.
Этот тип агарозы — базовый рабочий инструмент для проверки качества и разделения генетического материала. Это своего рода молекулярное сито: под действием тока фрагменты ДНК или РНК движутся сквозь гель, разделяясь строго по размеру. Исследователи используют эту агарозу в ежедневной практике, чтобы проверить, успешно ли прошла ПЦР (появилась ли нужная полоска на приборе), оценить чистоту выделенной из образцов ДНК, а также аккуратно вырезать и очистить конкретный фрагмент гена для дальнейшей работы. Буквы «Low EEO» (низкий электроэндоосмос) означают, что сито работает идеально ровно, молекулы не тормозят из-за дефектов самой матрицы, а полосы на снимке получаются четкими и не размываются, что исключает ошибки при чтении результатов.
Основные свойства
Агароза с низким EEO обладает рядом особенностей.
- Высокое разрешение разделения.
- Минимальный фоновый сигнал.
- Отсутствие нуклеазной активности.
- Высокая прочность готового геля.
Указанные свойства гарантируют высокую точность и воспроизводимость молекулярно-биологических анализов.
Низкий уровень электроэндоосмоса (Low EEO) предотвращает размытие полос, обеспечивая четкое визуальное разделение даже близких по размеру фрагментов ДНК и РНК. Это ускоряет работу, упрощает этап интерпретации данных.
Исключительная оптическая прозрачность матрицы минимизирует фоновый сигнал и рассеяние света. Это важно для качественного документирования результатов геля и обнаружения слабовыраженных полос.
Полное отсутствие примесей ДНКаз, РНКаз и ингибиторов ферментов защищает целевые нуклеиновые кислоты от деградации. Что позволяет безопасно выделять и использовать очищенные фрагменты для последующего клонирования, секвенирования или ПЦР.
Высокая механическая прочность геля (≥ 1200 г/см²) исключает разрывы пластины при заливке, извлечении гребенок, переносе на трансиллюминатор и проведении саузерн-/нозерн-блоттинга.
Способ заливки геля без комочков и пузырей
Правильная подготовка геля к использованию критична для получения корректных данных и воспроизводимости результатов. Она включает в себя несколько шагов.
- Растворение. Навеску порошка необходимо залить буфером (TAE/TBE) в колбе, объем которой в 2-4 раза превышает объем раствора.
- Нагрев. Нужно прогреть смесь в микроволновой печи интервалами по 30 секунд, аккуратно покачивая колбу, до полной прозрачности жидкости и исчезновения крупинок (нельзя допускать бурного кипения).
- Охлаждение. Затем следует охладить раствор до 50-60 °C (колбу можно комфортно держать рукой) перед добавлением интеркалирующего красителя.
- Заливка. Раствор в форму заливают медленно; при появлении пузырей оперативно нужно сдвинуть их к краям или удалить с помощью наконечника до застывания геля.
Важным является также подбор концентрации под задачи исследования.
Принципы выбора концентрации под длину фрагментов
Процентное содержание агарозы определяет плотность полимерной сетки геля и подбирается под размер целевой ДНК.
- 0,7-0,8% гель. Обладает крупными порами, оптимален для разделения высокомолекулярных фрагментов и геномной ДНК (от 5 до 20 тысяч пар нуклеотидов, т.п.н.).
- 1,0-1,2% гель. Универсальная рабочая концентрация для большинства рутинных задач и стандартных ПЦР-тестов (от 500 пар нуклеотидов до 10 т.п.н.).
- 1,5-2,0% гель. Имеет плотную структуру, необходим для точного анализа коротких фрагментов и малых продуктов амплификации (от 100 до 500 пар нуклеотидов).
Это наиболее часто используемые параметры подготовки гелей, на практике применяют гель с концентрацией от 0,5 до 4%.
Утилизация отработанного геля
Отработанный агарозный гель относится к медицинским отходам (в зависимости от регламента лаборатории — класса Б или Г) из-за обязательного использования флуоресцентных красителей ДНК, таких, как бромистый этидий или его безопасные аналоги (GelRed, SYBR Green). Запрещено выбрасывать гель в бытовой мусор или смывать в раковину. Пластины геля собирают в специализированные герметичные контейнеры или пакеты для токсичных/биологических отходов, которые передаются на централизованное уничтожение (высокотемпературное сжигание или автоклавирование утилизирующей компанией).
Технические характеристики
|
Параметр
|
Значение
|
|
Электроэндоосмос (EEO)
|
≤ 0,13
|
|
Температура гелеобразования (1,5% гель)
|
36 ±1,5 °C
|
|
Температура плавления (1,5% гель)
|
88 ±1,5 °C
|
|
Прочность геля (1% гель)
|
≥ 1200 г/см²
|
|
Массовая доля влаги
|
≤ 10%
|
|
Содержание сульфатов
|
≤ 0,15%
|
|
Зольность
|
≤ 0,5%
|
|
Внешний вид
|
Порошок белого или светло-кремового цвета
|
|
Растворимость (1 г / 100 мл H₂O)
|
Полная, раствор прозрачный бесцветный
|
|
Отсутствие примесей
|
Отсутствуют ДНКазы, РНКазы, протеазы, ингибиторы эндонуклеаз/лигаз
|
Специалисты компании Диаэм помогут оптимизировать ваши протоколы электрофореза. Консультанты компании предоставят экспертные рекомендации по подбору оптимального типа буфера (TAE или TBE), расчету безопасного вольтажа для четкого разделения фрагментов. И подберут оптимальные решения по проектированию и настройке систем рециркуляции буфера для проведения длительных и препаративных электрофорезов.
